Fundusz Małych Projektów Euroregionalnych utworzony został w ramach polsko-niemieckiego Programu Współpracy Przygranicznej Phare (Phare CBC) na rok 1995, finansowanego ze środków pomocy Unii Europejskiej dla Polski. Program ten w swojej pierwszej edycji umożliwiał wsparcie jedynie wielkich projektów infrastrukturalnych, pomijając jakże istotną sferę nawiązywania bezpośrednich kontaktów międzyludzkich ponad granicami państw. Dlatego też program uzupełniono już podczas jego drugiej edycji, część środków przeznaczając na wsparcie bezpośrednich kontaktów mieszkańców żyjących na obszarach przygranicznych. W ten sposób powstał Fundusz Małych Projektów, który miał na celu wspierać współpracę transgraniczną poprzez realizację niewielkich projektów, przede wszystkim o charakterze "miękkim". Wartość wsparcia środków UE dla pojedynczego przedsięwzięcia nie mogła przekroczyć 50.000 EUR. Władza Wdrażająca Program Współpracy Przygranicznej Phare (jednostka odpowiedzialna w Polsce za realizację programu), kierując się zasadą subsydiarności, powierzyła zarządzanie Funduszem Euroregionom, a więc strukturom tworzonym dobrowolnie na szczeblu lokalnym dla realizacji współpracy transgranicznej, obejmującym głównie miasta i gminy zlokalizowane na obszarach przygranicznych dwóch lub kilku sąsiadujących ze sobą państw.